De acordo com os anais desta Igreja, ela se originou com um grupo de membros dissidentes da Primeira Igreja Batista de João Pessoa e outras Igrejas da mesma fé e ordem, num total de 56 pessoas, que se uniram com o propósito de se organizarem em Igreja, para juntas trabalharem pelo engrandecimento do reino de Deus, na terra.
A razão da dissidência foi um movimento nacionalista, que surgiu no Brasil, em reação à influência dos missionários americanos. Este momento da história dos batistas ficou conhecido como "Movimento Radical". Assim, em 24 de setembro de 1923, foi organizada a "Primeira Igreja Batista Brasileira da Paraíba", (seu 1º nome). Depois seu nome foi mudado para "Segunda Igreja Batista da Paraíba", e hoje "Igreja Evangélica Batista de João Pessoa".
O seu primeiro Pastor foi José Alves Feitosa, de saudosa memória. Este ministério foi, no decorrer de sua história, ocupado pelos seguintes pastores: João Daniel do Nascimento, Dicomedes Góes, Pedro Falcão, Hostilio Carvalho, José Domingos, Carlos Stapp (interino), Elias Ramalho, Ismael Ramalho, Charles Dickson (por duas vezes interino), Silas Melo, Severino Moreira, Jeremias Dantas, Ezequias Fragoso, Bill Fallaw (interino), Natanael Menezes Cruz e atualmente Pr. Tomaz José de Aguiar Munguba, que vem exercendo seu ministério sob orientação divina desde novembro de 1982. Atualmente contamos com mais de 3.000 membros, distribuídos entre a sede e as congregações.
Um dos grandes destaques da Igreja é dado às Missões, por ser esta a principal tarefa da Igreja de Jesus Cristo. Para coordenar esse esforço missionário foi organizado o Conselho Missionário. Esse conselho, junto com as Pastorais Ministeriais, organiza e orienta as atividades evangelísticas e missionárias da igreja. Entre estas atividades se destaca o GAM – Grupo de Ação Missionária, que é uma atividade realizada pela igreja três vezes por ano. Neste evento, alguns membros da igreja, profissionais das mais diversas áreas realizam um trabalho de ação social em comunidades carentes em cidades do interior do estado, com o propósito de evangelizar essas comunidades. Além do GAM, a igreja realiza todo ano o Projeto Missionário, onde, no mês de julho, alguns crentes dedicam suas férias em prol da evangelização de uma cidade previamente escolhida. A igreja é associada à Convenção Batista Paraibana, que por sua vez está associada à Convenção Batista Brasileira.
Atualmente, a Igreja conta com 13 congregações e um Núcleo: 10 estão localizadas no interior do estado, nas cidades de Campina Grande, Alagoa Grande, Cajá, Remígio, Casserengue, Arara, Pilões, Cuitegí, Canafístula e Santa Rita, que é a última; 4 em bairros da grande João Pessoa, Varadouro e Geisel; e uma no sítio Paripe localizado no município do Conde, litoral do estado.
Temos ainda algumas igrejas-filhas, com seus templos próprios, como Bayeux, Rangel, Jardim Veneza, Bessamar, Bancários, Funcionários II, Valentina Mangabeira, Intermares e Areia.
CORPO DE PASTORES ATUAIS
Pastor Presidente: Rev. Tomaz José de Aguiar Munguba
Pastores Auxiliares:
»Pr. Ebenézer Tomaz Medrado Munguba – Pastor na área de Ação Social
»Pr. Filipe Sotero de Albuquerque – Pastor do Adolescentes
»Pr. Haydene Cassé – Pastor na área do ensino e do treinamento de líderes
»Pr. Ismael Machado da Silva – Pastor do Ministério de Integração
»Pr. Paulo Paulino – Pastor do Ministério Infantil
»Pr. Roberto Régis – Pastor da área de Missões
»Pr. Severino Flávio Bento de Lima – Pastor na área de Serviço – Som e mídia
»Pr. Waldir de Lima Junior – Pastor dos Jovens